污水处理微生物包含在微生物，所以并无特别的分类专门用于环境微生物。但是微生物命名可以按照阶元法（域> 界> 门> 纲> 目> 科> 属> 种> 亚种）以下为其中从界到种的英文等级划分：
Kingdom界
Phylum门
Class纲
Order目
Family科
Genus属
Species种
一般上一个微生物英文中我们使用双名法（binomial system of nomenclature），这个名称就是一个有两个单词组成的科学名称，分别是属和种。当然有些微生物还有它们的常用名。
举个例子 Escherichia coli （通常简写成 E. coli）为一种大肠杆菌，属细菌。
一个简化的分类可以是这样的：
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Kingdom界 |
Members成员 |
Cell Classification细胞分类 |
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Animal 动物 |
Rotifers轮虫 Crustaceans甲壳纲动物 Worms and larvae |
Eucaryotic/Eukaryotic真核细胞
Procaryotic/Prokaryotic原核细胞 |
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Plant 植物
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Ferns厥类植物 Mosses 苔藓 Protozoa原生动物 Algae藻类 Fungi（pl of fungus）真菌
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Protista 原生生物 |
Bacteria细菌 Lower algae forms低级藻类 |
一般水体和废水以及污水处理中常见的微生物有：细菌Bacteria，真菌 Fungi，藻类 Aglae，原生动物 Protozoa，轮虫 Rotifers, 甲壳纲动物Crustaceans，虫类 Worms (线虫Nematodes与扁虫Flatworms)。
细菌Bacteria
单细胞，原核生物，二元分裂繁殖。生活污水中通常含有大量的微生物如细菌、病毒、原生动物与虫类，而污水处理工程师的责任就包括控制病原细菌以保证公共安全。细菌有3种形状：棒形bacilli，圆形cocci，螺旋形spirilla。一个常见的棒形大肠杆菌可能长2微米宽0.7微米。
按照对氧气的依存度，可以分为好氧、厌氧、兼性。也有其他的分类方法。
丝状细菌Filamentous bacteria问题是活性污泥处理法中常见的，而这其中actinomycetes则是一个主要的问题制造者。其实丝状细菌也有它重要的作用比如协助絮凝物的形成。而一些丝状菌比如Microthrix parvicella与Nocardia spp.则导致污泥泡沫与膨胀。
Fungi（pl of fungus）真菌
真菌可以分为以下五类：
1． Myxomycetes, or slime fungi
2． Phycomycetes, or aquatic fungi （algae）
3． Ascomycetes, or sac fungi
4． Basidiomycetes, or rusts, smuts, and mushrooms
5． Fungi imperfecti, or miscellanueous fungi
Algae藻类
根据Whittaker的五界法，藻类可以属于其中的两界，分为七类。不过污水处理专家的主要兴趣只是其中5类：
Chlorophyta – green algae 绿藻门
Englenophyta – euglenoids 裸藻，眼藻门
Chrysophyta – golden-brown algae, diatoms 金藻门，硅藻
Phaeophyta – brown algae褐藻门
Pyrrophyta – dinoflagellates甲藻门，涡鞭藻
Protozoa原生动物
单细胞，真核生物。包括可以单独存在的柄纤毛虫比如钟虫 Vorticella，或者群体存在的Carchesium sp.
其中病原性的原生动物包括Entamoeba histolytica, Giardia lamblia, 以及Cryptosporidium.
Protozoa可以根据它们的运动方式分为4类：Mastigophora通过一条或者几条鞭毛移动；Ciliophora通过短的称为cilia的鞭毛移动；Sarcodina通过变形移动；Sporozoa则是不能动的。
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Group 类 |
Common Name |
Means of Movement |
Method of Reproduction 繁殖方式 |
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Mastigophora |
Flagellates |
Flagella |
Asexual |
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Ciliophora |
Ciliates |
Cilia |
Asexual by transverse fission; sexual by conjugation |
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Sarcodina |
Amoeba |
Pseudopodia |
Asexual and sexual |
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Sporozoa |
Sporozoans |
Nonmotile |
Asexual and sexual |
Mastigophora可以再分为Phytomastigophrea，其中包括Euglena sp., 通常与处理过程中氮与磷的增加相联系。
Ciliophora又可分为3组：（1）free swimmers自由游动的；（2）crawlers；（3）stalked 有柄的。Euplotes是一种自由游动的纤毛虫，Stentor是一种柄纤毛虫。
Sarcodina 即变形虫与Ciliates和Flagellates相比，有较少的细胞器官，结构上更简单。
活性污泥系统中的原生动物的指示作用要注意以下一些因素：
· 健康的污泥中含有大量的Crawlers和Stalked ciliates，这暗示出水质量高，BOD可能在1-10mg/L.
· 中等污泥中三种纤毛虫都以优势存在。这暗示出水质量满意，可能BOD在11-30mg/L.
· 差的污泥中自由游动纤毛虫和鞭毛虫占主要。此时的出水通常浑浊，质量低，BOD在30mg/L以上。
Rotifers轮虫
最小、最简单的多细胞生物。轮虫吃食藻类、细菌、原生动物、以及死掉的生物，所以可以从废水中去除大量的食物。在活性污泥、滴滤、以及氧化池系统中扮演重要角色。活性污泥和滴滤池中含有大量的Digononta和Monogononta，而氧化池中则主要是Monogononta。
Crustaceans甲壳纲动物
水中通常含有Cyclops和Daphnia等甲壳纲动物。
Worms：Nematodes & Flatworms 线虫与扁虫
污水处理中的虫类主要有线虫和扁虫等。它们长度在0.5-3mm之间，而直径通常在0.01-0.05mm之间。
在污水处理系统中，线虫可以加快微生物细菌群落的活动与分解。在污泥和滴滤系统中它们吃食细菌。它们的活动可以增加这些系统中的氧气渗透率。不过在活性污泥中线虫数量较少，因为相比在液体环境中的自由游动，线虫更喜欢的是爬行crawling，所以在滴滤池中线虫数目庞大。
而水体中的扁虫则是主要吃食藻类。Tubifex是扁虫中的一种。
本文资料主要翻译自Microbiology for Water/Wastewater Operators by Frank R. Spellman. 由www.water-treatment.com.cn 翻译完成，此页将会继续改进。欢迎大家来信交流。